Edward Elric, seorang alkemis muda yang brilian, telah kehilangan banyak hal dalam dua belas tahun hidupnya: ketika dia dan saudaranya Alphonse mencoba menghidupkan kembali ibu mereka yang telah meninggal melalui tindakan terlarang transmutasi manusia, Edward kehilangan saudara laki-lakinya serta dua anggota tubuhnya. . Dengan keterampilan alkimia tertingginya, Edward mengikat jiwa Alphonse ke sebuah baju zirah besar.
Setahun kemudian, Edward, yang kini dipromosikan menjadi alkemis fullmetal negara, memulai perjalanan bersama adik laki-lakinya untuk mendapatkan Batu Bertuah. Objek mitos dongeng tersebut dikabarkan mampu memperkuat kemampuan seorang alkemis dengan pesat, sehingga memungkinkan mereka untuk mengesampingkan hukum dasar alkimia: untuk mendapatkan sesuatu, seorang alkemis harus mengorbankan sesuatu yang bernilai setara. Edward berharap dapat memanfaatkan sumber daya militer untuk menemukan batu dongeng tersebut dan memulihkan tubuhnya dan tubuh Alphonse menjadi normal. Namun, Elric bersaudara segera menyadari bahwa batu legendaris tersebut memiliki lebih dari yang terlihat, saat mereka dibawa ke pusat pertempuran yang jauh lebih gelap dari yang pernah mereka bayangkan.
