Setelah berdamai dengan Dr. Xeno, Senkuu Ishigami hampir mewujudkan impiannya yang telah lama diidamkan: misi luar angkasa ke Bulan akhirnya dimulai. Sementara Dr. Xeno memulai pengembangan mesin roket mereka, tim Senkuu terus menjelajahi benua dan lautan untuk mencari sumber daya penting serta orang-orang yang dibutuhkan guna membangun infrastruktur yang diperlukan bagi misi tersebut, sekaligus menghidupkan kembali seluruh populasi manusia.
Sementara itu, Whyman yang misterius terus melemparkan bayang-bayangnya ke Bumi dari Bulan. Namun, dengan kekuatan gabungan umat manusia yang akhirnya bersatu, hanyalah masalah waktu sebelum Senkuu dan yang lainnya menghadapi Whyman dan mendapatkan jawaban yang telah lama menjadi misteri bagi umat manusia selama berabad-abad.
