Pada hari terakhir liburan musim panas, Kokona Aoba siap menghabiskan waktu yang telah lama ditunggu-tunggu bersama ibunya, namun sayangnya rencana tersebut dibatalkan karena pekerjaan. Memilih untuk pergi ke luar, dia berjalan-jalan menyusuri jalan yang sudah dikenalnya—jalan di mana kenangan indah muncul di setiap sudut.
Kemudian, di tengah musim gugur, Hinata Kuraue dan Aoi Yukimura sedang melihat-lihat lembar memo mereka masa kecil. Mengintai di dalam kamar Aoi, Hinata menemukan bahwa dia telah menyimpan biji ek aneh sebagai kenang-kenangan, tapi tidak ingat alasannya. Saat penemuannya terus menghantuinya, gelombang kenangan lama muncul, menyebabkan dia mengenang peristiwa yang terlupakan dari masa kecilnya.
Dari waktu yang dihabiskan bersama orang-orang terkasih hingga janji-janji di masa lalu, Yama no Susume: Omoide Present mengikuti ketiga gadis saat mereka mengenang kenangan lama sambil menciptakan kenangan baru untuk diingat.
