BoBoiBoy Galaxy bercerita tentang Power Sphera, robot yang diciptakan untuk memberikan kekuatan super kepada pemiliknya. Namun, proyek Power Sphera akhirnya dianggap sebagai proyek berbahaya dan dibatalkan, dan banyak Power Sphera yang melarikan diri dan bersembunyi di seluruh penjuru galaksi. Mendambakan kekuatan mereka, banyak alien jahat mencoba mencari dan menangkap Power Sphera demi keuntungan mereka sendiri.
Untuk mencegah Power-Power Sphera jatuh ke tangan yang salah, pahlawan muda dari Bumi, BoBoiBoy, dan teman-temannya ditugaskan untuk melacak dan melindungi Power Sphera yang tersebar di seluruh galaksi dengan bantuan organisasi antargalaksi, T.A.P.O.P.S.
